企業在增值稅管理中偶爾會發生取得逾期的增值稅扣稅憑證的問題。在《國家稅務總局關于進一步優化增值稅、消費稅有關涉稅事項辦理程序的公告》(國家稅務總局公告2017年第36號，以下簡稱“36號公告”)發布前，企業需按照《國家稅務總局關于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》(國家稅務總局公告2011年第50號，以下簡稱“50號公告”)執行。納稅人需要引起注意的是：36號公告對50號公告的部分規定進行了以下修改，從2018年1月1日起，企業取得逾期的增值稅扣稅憑證按照修改后的規定執行。
1、按照50號公告規定，抵扣憑證逾期的，經主管稅務機關審核、逐級上報，由國家稅務總局認證、稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。36號公告修改為“經主管稅務機關核實、逐級上報，由省國稅局認證并稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額”，即將核準權由國家稅務總局下放到省級國稅局。顯然權限下放有利于縮短辦理周期，提高工作效率。
2、50號公告適用的抵扣憑證范圍包括“增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書和公路內河貨物運輸業統一發票”，因“公路內河貨物運輸業統一發票”這一票種在營改增后已不存在，該條款由36號公告廢止，適用范圍變為“增值稅專用發票、海關進口增值稅專用繳款書和機動車銷售統一發票”。
3、為適應審核權限下放的規定，36號公告對50號公告的附件《逾期增值稅扣稅憑證抵扣管理辦法》也做了相應修改：第四條第二款修改為“主管稅務機關核實無誤后，應向上級稅務機關上報，并將增值稅扣稅憑證逾期情況說明、第三方證明或說明、逾期增值稅扣稅憑證電子信息、逾期增值稅扣稅憑證復印件逐級上報至省國稅局”;第五條修改為：“省國稅局對上報的資料進行案頭復核，并對逾期增值稅扣稅憑證信息進行認證、稽核比對，對資料符合條件、稽核比對結果相符的，允許納稅人繼續抵扣逾期增值稅扣稅憑證上所注明或計算的稅額”。
納稅人需要注意，除了上述改動之外，36號公告未對各省國稅局審核逾期增值稅扣稅憑證作出進一步的具體要求，而是原則性的規定“各省國稅局應在修改后的國家稅務總局公告2011年第50號附件《逾期增值稅扣稅憑證抵扣管理辦法》(以下簡稱《管理辦法》)相關規定基礎上，按照進一步深化稅務系統“放管服”改革、優化稅收環境的要求，以方便納稅人、利于稅收管理為原則，進一步細化流程、明確時限、簡化資料、改進服務”。
因此納稅人需關注主管稅務機關所屬省級國稅局的相關規范性文件。
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